Le décret du 29 janvier 2016 précise ainsi les missions du CISSE, dont le principal travail consiste à élaborer, en lien avec les ministères concernés et le Secrétariat général de la défense et de la sécurité nationale (SGDSN), « la politique publique en matière de protection et de promotion des intérêts économiques, industriels et scientifiques de la Nation »